Η Α’ Πανεπιστημιακή Παθολογική Κλινική (Α’Π.Π) λειτουργεί στο νοσοκομείο Αλεξανδρούπολης από το 1985. Η ανάπτυξή της είναι 30 κλίνες και σήμερα το ανθρώπινο δυναμικό της αποτελούν 7 ειδικοί γιατροί – μέλη ΔΕΠ, 4 γιατροί του ΕΣΥ, 10 ειδικευόμενοι γιατροί στην Παθολογία και 2 ειδικευόμενοι γιατροί στην Ρευματολογία.

Η λειτουργία της κλινικής στοχεύει αφενός μεν στην νοσηλεία ασθενών που οι παθήσεις τους καλύπτουν όλο το φάσμα της παθολογίας, αφετέρου δε εκπαιδεύει σε προπτυχιακό επίπεδο φοιτητές της Ιατρικής και σε μεταπτυχιακό επίπεδο νέους γιατρούς, (χορήγηση πλήρους ειδικότητας 5 ετών στην Παθολογία και χορήγηση ειδικότητας 2 ετών στη Ρευματολογία). Επίσης η κλινική προσφέρει εξειδικευμένες και υψηλού επιπέδου διαγνωστικές και θεραπευτικές υπηρεσίες, τόσο σε επίπεδο νοσηλείας, όσο και σε επίπεδο εξωτερικών ιατρείων, σε αιματολογικά νοσήματα, ρευματολογικά νοσήματα, αυτοάνοσες, φλεγμονώδεις και αυτοφλεγμονώδεις διαταραχές, θρομβοφιλικές καταστάσεις, ηπατικά νοσήματα – ηπατίτιδες και εξειδικευμένες διαγνωστικές (μέσω των ενδοσκοπικών δυνατοτήτων που έχει) και θεραπευτικές λύσεις σε παθήσεις του γαστρεντερικού σωλήνα. Επίσης στον χώρο της κλινικής λειτουργεί διαμορφωμένος χώρος για την χορήγηση ειδικών θεραπειών ανοσοκαταστολής ή/και ανοσοπαρέμβασης.

Η Α’ΠΠ κλινική είναι άμεσα συνδεδεμένη με το εργαστήριο Μοριακής Αιματολογίας, ένα πλήρως εξοπλισμένο εργαστήριο Μεταφραστικής έρευνας βασισμένο σε μεθόδους Μοριακής Βιολογίας και πρωτεϊνικής ανάλυσης. Η χρηματοδότηση του εξοπλισμού του και των αναλωσίμων του γίνεται κυρίως από ερευνητικά προγράμματα των group leaders και άλλων μελών της κλινικής καθώς και με υποστήριξη παγίων από το Νοσοκομείο. Στο εργαστήριο λειτουργούν ερευνητικές ομάδες, ανεξάρτητες ερευνητικά και επιστημονικά.  Οι ερευνητές, μέλη ΔΕΠ, ΕΤΕΠ και μεταδιδακτορικοί, έχουν έμμισθη επιστημονική σχέση, με αποδεδειγμένη λειτουργία σε ερευνητικό και διαγνωστικό επίπεδο. Σε κλινικό επίπεδο, τα πειραματικά αποτελέσματα του εργαστηρίου στηρίζουν την ΑΠΠ σε μεγάλο φάσμα παθήσεων της Εσωτερικής Παθολογίας. Επιπλέον, το εργαστήριο είναι ενταγμένο σε ευρύ διεθνές δίκτυο ομόλογων εργαστηρίων και μονάδων με σκοπό την πληρέστερη μελέτη όλο και μεγαλύτερου όγκου παθήσεων του ανθρώπου από το δίκτυο αυτό συμβάλλοντας πληρέστερα στην εκπόνηση διδακτορικών διατριβών και την εκπαίδευση μεταπτυχιακών Ιατρών, Βιολόγων και τεχνολόγων σε τεχνολογίες αιχμής.